1950-tallet: Væpna sammenstøt mellom moroer og det filippinske politiet flere steder. Den mest kjente av opprørslederne, Kamlon Hadji, holdt ut i 8 år før han trakk seg tilbake på grunn av høy alder og overlot ledelsen til andre. Flesteparten av disse kampene fant sted i Lanao-området på Mindanao.
1960-tallet: Morostudenter begynte å organisere seg, særskilt i Manila men også i flere provinser. Nur Misuari, som seinere skulle bli lederen av Moro National Liberation Front (MNLF) og nåværende guvernør i den Autonome Regionen for Moroer i Mindanao (ARMM), ble foregangsfiguren i Philippine Muslim National League (PMNL). Det gikk over i MNLF da denne formelt ble stifta i 1969.
Også i utlandet begynte morostudenter å bli aktive i kampen for et fritt hjemland. I Kairo var Salamat Hashim som seinere ble lederen i Moro Islamic Liberation Front (MILF), en av de som stilte seg i spissen for The Philippine Students Union (PSU).
1970-tallet: Den internasjonale støtten til moroens frigjøringskamp skjøt fart i den muslimske verden. Den tredje islamske utenriksministerkonferansen i Jeddah i Saudi Arabia kom i 1972 ut med en resolusjon som påkalte oppmerksomhet for muslimenes sak på Filippinene. Samtidig utvikla den væpna kampen seg fra de mer begrensa aksjonene som starta på 1950-tallet, til mer regulær krigføring da MNLF starta sin væpna kamp 21. oktober 1972. Dette skjedde nøyaktig måneden etter at Marcos hadde proklamert unntakstilstand.
MNLF-aksjonene vokste kraftig i omfang, samtidig som presset fra den islamske verdenskonferansen (OIC) mot den filippinske regjeringen for å få til en politisk løsning også tiltok. I 1974-75 erobra MNLF flere ganger Jolo og tok kontrollen over flere andre områder i Sulu, Tawi-tawi, Basilian og Zamboanga. Dette endte til slutt opp med at den såkalte Tripoli-avtalen ble inngått i Libya mellom regjeringa og MNLF, med OIC som vertskap. Det ble erklært våpenhvile i de 13 provinsene det hadde pågått krig i og et område som omfattet 10 byer ble foreslått som autonomt område.
Bare et halvt år etter Tripoli-avtalen begynte imidlertid regjeringsstyrkene nye aksjoner mot MNLF-leire i Basilian, i Maguindanao, Cotabato og flere andre steder som i avtalen hadde blitt anerkjent av begge parter Det førte til at MNLF i oktober 1978 anklaget Marcos-regimet for å ha brutt avtalen og til at de tok opp igjen den væpna kampen. Samtidig begynte en del folk i MNLF å bli misfornøyde med det de mente var en for forsonlig linje fra MNLF-ledelsen overfor Manila-regjeringen.
1982: Moroer på Pata-øya i Sulu drepte 121 soldater som gjengjeldelse for overgrep fra soldatenes side mot sivilbefolkningen på øya. Seinere på året brøt en MNLF-gruppe ledet av Dimas Pundato ut og dannet MNLF-Reformist, etter at forslag om å endre kursen til MNLF ble avvist av Nur Misuari.
1984: I mars dette året ble Moro Islamic Liberation Front (MILF) offisielt dannet, etter at splittelsen i realiteten var et faktum allerede i 1978 som en reaksjon på blant annet Tripoli-avtalen.
1986-90: Etter Marcos fall kom MLNF og representater for det nye regimet til Cory Aquino sammen i Jeddah og ble enige om å gjenoppta forhandlinger. Aquino tilbød en løsning med full autonomi for Mindanao. I januar 1987 gikk MNLF inn på en avtale hvor de ga opp kravet om uavhengighet for den muslimske regionen og aksepterte regjeringens tilbud om amnesti. Dette utvidet splittelsen hos moroene. MILF satte i gang en fem dagers taktisk offensiv i flere områder på Mindanao i protest mot avtalen. MNLF-forhandlingene med Aquino låste seg så etterhvert, slik at MNLF også tok opp igjen våpnene i 1988. Men de væpnede sammenstøtene var relativt begrensa i denne perioden.
Regjeringa fortsatte imidlertid å tilrettelegge for en ordning med autonomi, uten medvirken fra MNLF eller andre moroorganisasjoner, og 6. november 1990 ble den Autonome Regionen for Muslimsk Mindanao (ARMM) oppretta. Den omfatta to provinser på Mindanao og to i Suluøyriket.
1990-tallet: Forhandlingene med MNLF ble tatt opp igjen under president Ramos og i september 1996 ble så en endelig fredsavtale sluttet. MNLF-lederen Nur Misuari ble oppnevnt til guvernør i ARMM, med hovedbase i Cotabato. MILF godtok ikke denne avtalen, og var heller ikke med på disse forhandlingene, men de startet i januar 1997 samtaler for om mulig å komme fram til en avtale om «generelt opphører av fiendtligheter på Mindanao», uten å ta stilling til «det springende punktet» uavhengighet for Moroland.
Disse samtalene fortsatte under den nye presidenten Estrada i 1998, og i oktober 1999 startet formelle samtaler mellom MILF og regjeringen.
2000: 27. april 2000 ble en avtale mellom MILF og regjeringa i Manila signert med oppfordring om å «normalisere situasjonen» i det sentrale Mindanao. Men allerede dagen etter at denne avtalen ble inngått, gikk filippinske regjeringsstyrker til angrep på MILF-baser på Mindanao. Det førte til den dramatiske opptrappingen av konflikten sommeren 1990, hvor 7-800.000 moroer ble fordrevet fra sine hjem og inn i elendige kår i flyktningeleire. Estradas fall i januar 2001 har muligens skapt nye muligheter for en rettferdig løsning på konflikten. Se seinere artikkel.